L'église, dédiée à Saint Jean-Baptiste, bâtie en 1557, a été brûlée par les Gueux. Elle a été reconstruite depuis, le bâtiment actuel ayant trois nefs. L'église possède un orgue et un petit jardin botanique
Cette église serait l’extension d’une chapelle construite au 12ème ou 13ème siècle par les moines Antonins retirés dans un ermitage sur les pentes du Mont Noir. La date de 1557 correspondrait plus à l’élévation de la tour.
Au cours des siècles, l’église fut démolie et reconstruite plusieurs fois. La dernière destruction remonte à la première guerre mondiale. Seule la tour, bien que mutilée, résista jusqu’à nos jours. Elle fut rendue au culte le 17 septembre 1922.
De chaque côté de la tour, à l’extrémité des nefs latérales ont été construites au début du XXème siècle par Michel CLEENWERCK de CRAYENCOUR, père de Marguerite YOURCENAR, deux chapelles en mémoire de ces deux épouses décédées, dont l’une en couches lors de la naissance de Marguerite YOURCENAR.
L'orgue a été construit par Charles ANNESSEENS et ses fils, facteurs à Halluin. Le buffet néogothique a été réalisé par PATTEIN, menuisier-sculpteur à Hazebrouck. Ils ont été installés en 1897. Suite à la destruction de l'église pendant la Première Guerre mondiale, la reconstitution de l'orgue a été confiée au docteur BEDART en 1931 et réalisée par Paul KRISCHER, de Lille (travaux achevés en 1934).
La légende :
L’adage voudrait que cette tour aurait été construite par deux frères jumeaux, riches commerçants Cappelois, les frères DEUKEUNYNCK, résidant rue au Beurre. Au cours d’un voyage en mer, ils auraient essuyé une violente tempête. Au plus fort de la tourmente, ils auraient fait le vœu de bâtir une tour à St Jans Cappel, s’ils échappaient à la mort ; ce qu’ils firent. Certains éléments tentent de le prouver dont une figurine de lapin gravée en haut de la tour. Le lapin, « De Keun » en flamand, racine du nom de la famille des deux frères.
